Federico II, le crociate e gli angioini
Il 9 novembre del 1225 il maturo signore dell’occidente, l’imperatore Federico II, si unì in matrimonio, nella Cattedrale di Brindisi con la giovanissima Isabella di Brienne, regina di Gerusalemme. Qui l’imperatore nel 1227 concentrò gli armati per la spedizione in Terra Santa che, annullata per gli effetti di una pandemia, determinerà la sua scomunica. Ciò non gli impedì, il 1228, di salpare da Brindisi verso la Palestina e riacquistare il controllo di Gerusalemme per via diplomatica.
In questo periodo gli ordini monastico-cavallereschi e le repubbliche marinare di Venezia, Genova, Pisa e Amalfi ebbero proprie strutture legate a interessi mercantili o militari; la città era sede della zecca e della banca di stato. Se ne promosse l’ampliamento con la definizione di una nuova cinta muraria che, facendo perno sul castello di terra, doveva includere i pianori di levante.
Gli Angioini vollero, per maggior sicurezza del porto, la costruzione delle torri delle Catinelle a guardia della foce; una torre-faro fu eretta a punta Cavallo. Sorgono la chiesa e convento della Maddalena, il complesso francescano di San Paolo e Santa Maria del Casale, con annessa residenza estiva degli arcivescovi di Brindisi. A metà del XIV secolo si manifestano i primi segni della crisi che determinerà il declino della città.